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郡司幸夫 (1989).非明在系としての生物およびその形式化.Mathematical Topics in Biology (三村編)京都大学数理解析研究所、68-84.
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郡司幸夫、今野紀雄 (1990).自己発生する境界:機械論を越えて.現代思想18(7)、238-246.
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郡司幸夫、今野紀雄、中村隆志 (1991).自己創出系と二つの時間.数理   解析研講究録 762,101-110.
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中村隆志,郡司幸夫 (1991). 自律的境界-非可逆系へのアプロ-チ.   月刊地球 13(8),552-558.
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郡司 ペギオ-幸夫 (1991) 内部と外部の架橋:形式的自律生命.現代思想、19(9)、201-213.
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郡司 ペギオ-幸夫 (1991) アンチ・コントロール:自律的生命の基礎.
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郡司 ペギオ-幸夫 (1992)”進化”を生成する自己言及システム.数理科学 350、69-77.
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郡司 ペギオ-幸夫 (1992)シミュレーションからデモンストレイションへ:内部測定と生命の形成.月刊地球14、626-631.
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郡司 ペギオ-幸夫 (1993)多様性への新たな視点.科学43:205-206. 岩波書店
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郡司ペギオ-幸夫(1993)人工生命(AL)という特定世界から普遍世界への脱却.インターコミュニケーション6,106-109.
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郡司ペギオー幸夫、伊東敬祐、貞岡久里(1994)二つの代数系が構成する事前・事後としての時間.数理科学 368,34-38.
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郡司ペギオ-幸夫(1994)生命と論理-生き物の無限を巡る諸問題.ゲノム1:3-22.
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郡司ペギオ-幸夫(1994)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その3.現代思想22(13):359-382.
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郡司ペギオ-幸夫(1994)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その4.現代思想22(14):312-330.
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郡司ペギオ-幸夫(1995)生物の形態・時間の形態.科学朝日55(5):26ー29
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郡司ペギオ-幸夫(1995)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その5.現代思想23(4):308-339.
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郡司ペギオ-幸夫(1995)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その6.現代思想23(5):254-294.
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郡司ペギオ-幸夫(1995)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その7.現代思想23(8):218-264.
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郡司ペギオ-幸夫(1995)生命の理論:脱構築という装置から2つの理論形態へ.ビオス創刊号:134-145
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右田正夫・水上悦夫・郡司ペギオ-幸夫(1995)動物行動の可塑性を如何に理解するか.生物科学47(2):90ー97.
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郡司ペギオ-幸夫(1996)内部観測者にとってのモデル:創発性、構造、固有名の起源を語るために.ビオス2:216-234.
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郡司ペギオ-幸夫(1996)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その8.現代思想24(6):325-335.
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郡司ペギオ-幸夫(1996)「何もの」も得ず、「志し」をもたず.現代思想・総特集・荒川修作+マドリンギンズ:411-421.
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荒川修作・松野孝一郎・郡司ペギオ-幸夫・中島敏幸(1996)Einstein or Arakawa現代思想・総特集・荒川修作+マドリンギンズ:394-410.
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郡司ペギオ-幸夫(1996)生命と時間、そして原生-計算と存在論的観測:その9.現代思想24(11):156-181.
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大澤真幸・郡司ペギオ-幸夫(1996)生命と内部観測.現代思想24(11):52-78.
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郡司ペギオ-幸夫(1997)局所の様相、内部観測の形式論.現代思想
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郡司ペギオ-幸夫(1997)適応能と内部観測:含意という時間.現代思想
(43)
金子邦彦・郡司ペギオ-幸夫・高木義臣(1997)
(44)
郡司ペギオ-幸夫(1997)無限を創る有限者と無限を見る有限者の間.現代思想25(12):314-333.
(45)
松野孝一朗・郡司ペギオ-幸夫(1997)発達を測る.現代思想25(12):334-365.
(46)
郡司ペギオ-幸夫(1998)存在論としてのウィトゲンシュタイン・方法論としてのドゥルーズ=ベルグソン.現代思想26(1):304-322.
(47)
郡司ペギオ-幸夫(1998)不定さを担う.現代思想26(8):136-150.
(48)
大澤真幸・郡司ペギオ-幸夫(1998)誕生・老い・死―生命の内部観測. 談59:70-93.
(49)
郡司ペギオ-幸夫(1998)後悔を担う遺伝子、または、我々はいかにして「おかわり屋」から逃れられるか?.現代思想26(11):207-225.
(50)
郡司ペギオ-幸夫・崎山政毅(1998)サイエンスウォーズのアリーナ.現代思想26(13):138-158.
(51)
郡司ペギオ-幸夫(1999)時計としての時間、または過去・現在・未来の起源.現代思想27(4):120-139.
(52)
郡司ペギオ-幸夫(1999)完了が主張する質料.現代思想27(6):236-239.
(53)
郡司ペギオ-幸夫・野村修作・森山徹(1999)私を含む動物=不定を含む動物.日本動物行動学会ニューズレター34:16-23
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郡司ペギオ-幸夫・東英樹・野村修作(1999)創発性と記号の起源、数理科学 436:13-20.
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郡司ペギオ-幸夫(2000)生命記号論、宇宙の意味と表象.数理科学443, 57.
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郡司ペギオ幸夫・水上悦夫・北林伸英(2002)動物の行動にみられる記号とその起源.生物物理42(1)14-19.
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郡司ペギオ-幸夫・青野真士・東英樹.現象論的計算としての意識(2002)数理科学468, 61-69.
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郡司ペギオ-幸夫・神谷壮八・笹井一人(2002)世界内計算、そのクリプキ的転回から「いま・ここ」へ.Computer Today109, 42-50.
(59)
郡司ペギオ-幸夫(2005) 石を剥がしたとき、小林さんはさめざめと泣くだろうか.オープンネイチャー:情報として自然が開くもの.pp. 94-104(NTT出版).
(60)
藤幡正樹・郡司ペギオ-幸夫(2006) パラレル・リアリティ Intercommunication
(61)
郡司ペギオ-幸夫・小泉義之(2006)物語をやめよ!=「生きる」ことの哲学を構想する.PATIO 1,262-281.
(62)
保坂和志・郡司ペギオ-幸夫(2006)小説の自由・科学の不自由?Intercommunication 57, 37-61.
(63)
郡司ペギオ-幸夫, 塩谷賢(2007)なぜ余計なことを考えるのか:量子もつれ・セレンディピティー・生命の時間.現代思想35(16),167-182.
(64)
郡司ペギオ-幸夫(2010)二種類の身体から構成されるシステム.システム/情報/制御54(12), 445-451.
(65)
郡司ペギオ-幸夫(2012)逃げたテナガザルを発見するのは誰だ.広告:恋する芸術と科学389, 88-92.
(66)
郡司ペギオ-幸夫(2012)ボンカレーという媒介. 広告:恋する芸術と科学389, 69-70.
(67)
郡司ペギオ-幸夫(2012)「大きさ」の起源:クラスとコレクションの捩れ.現代思想40(10)特集:生きものの<かたち>, 92-109.
(68)
郡司ペギオ-幸夫(2012)チューリングのバイオロジカルな拡張. 現代思想40(14)特集:チューリング, 128-149.
(69)
郡司ペギオ-幸夫(2013)蝉丸および蝉丸になれない我々、または、いかにして我々は蝉丸にならんとするか. ユリイカ1月増刊号特集:百人一首, 226-229.
(70)
郡司ペギオ-幸夫(2013)ゾンビ・ザ・プ―. ユリイカ02特集:ゾンビ, 185-196.
(71)
郡司ペギオ-幸夫(2013)ポスト複雑系:因果律と準因果作用子の邂逅.現代思想 41(1)特集:現代思想の総展望2013, 76-79.
(72)
郡司ペギオ-幸夫(2013)不動点としての永遠回帰・内在平面としての永遠回帰.現代思想41(2)特集:ニーチェはこう言った, 80-98.
(73)
郡司ペギオ-幸夫(2013)アンパンマンを食べることのできる者は誰だ-否定と否認の混同または脳内で命令する他者に基礎づけられた自発性.ユリイカ8月臨時増刊・総特集:やなせたかし, 73-82.
(74)
郡司ペギオ-幸夫(2014)空間はどこからくるのか.現代思想41(1), 110-187.
(75)
郡司ペギオ幸夫 (2015) ”モノとコトの齟齬を反故にする表現体―天然知能:総合と貼り合わせ―(特集2思想としての生命 第二回 生きているとはどのようなことか”比較思想研究 42, 46-51.
(76)
郡司ペギオ幸夫 (2015) 存在論的独我論から帰結される「貼りあわされた世界」,臨床精神病理.36,171-182.
(77)
郡司ペギオ幸夫 (2016) 原生意識-多様体・外部を糊代とする層. 現代思想, 44-6, 186-202.
(78)
郡司ペギオ幸夫 (2016) 知覚と記憶の接続・脱接続:デジャビュ・逆ベイズ推論.書肆心水,東京(印刷中).
(79)
郡司ペギオ幸夫, (2018) ポプテピピック革命 Link