（１）
郡司幸夫　（１９８７）．連鎖表現型による腕足動物の適応戦略．化石の科学（日本古生物学学会編）所収．
（２）
Gunji, Y. (1989). Molluscan pigmentation pattern generation by a dynamic structure with intrinsic time, illustrating subjective autonomy. In: Dynamic structure in Biology (Goodwin, B.C., Webster, G. & Sibatani, A. eds.) Edinburgh Univ. Press. 219-235.
（３）
池田清彦・川出由巳・郡司幸夫・斉藤嘉文・柴谷篤弘・法橋登・松野孝一郎・吉岡斉・米本昌平　（１９８９）．構造主義をめぐる生物学論争．吉岡書店．３１８pp.
（４）
Gunji, Y.(1990). Autopoietic systems including an observer. In: Nonlinear Phenomena and Bifurcation Theory (Kawakami, H. ed.) pp. 232-251, World Sci. Co.
（５）
Gunji, Y. (1991). The geometry of the loop and its morphogenetic field. In: Brachiopods through Time (Mackinnon, D.I., Lee, D.E. & Campbell, J.D. eds.), pp. 123-130, A.A. Balkema Pub, Rotterdam.
（６）
郡司幸夫　（１９９１）　生物学的時間にみる他者：進化の時間論．進化１（柴谷篤弘、長野敬、養老孟司編）．pp. 161-205. 東京大学出版会．
（７）
郡司幸夫　（１９９１）波動信号の構造－腕足動物における内腕骨変態と肋　　　形成の機構．　「生物学にとって構造主義とは何か」（柴谷篤弘他編）所　　　収．吉岡書店．pp. 186-199.
（８）
Gunji, Y-P.. & Ito, K. (1992). Evolutionary dynamics of complex systems: Self-organization toward criticality at the border between order and chaos. In: Structure and Bifurcations of Dynamical Systems (Ushiki, S. ed.), World Scientific, Singapore, New Jersey, pp. 59-81.
（９）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫　（１９９３）ウロボロス：生命の臨界論理.科学と宗教　第６巻　生命と科学（清水博他編）pp. 89-120. 岩波書店
（１０）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫　（１９９６）生命の様相：縮退するユリイカの構造.講座
「生命」生命の思索（中村雄二郎・木村敏監修）pp.77-120.哲学書房
（１１）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫　（１９９７）心の論理構造―認識論から存在論的形式へ.シリーズ・ニューバイオフィジックス（日本生物物理学会編・担当編集委員・松本修文）pp.137-149.共立出版
（１２）
金子邦彦・高木義臣・郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫　（１９９７）複雑系の科学と現代思想：生命システム.178pp.青土社
（１３）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫・オットーレスラー・松野孝一郎（１９９７）複雑系の科学と現代思想：内部観測．２４０ｐｐ．青土社
（１４）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（１９９７）無目的な能動性：タフであること、働きかけること.現代日本文化論１、私とは何か（河合隼雄・中沢新一編）ｐｐ．１７１－２２６．岩波書店
（１５）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫・東英樹（１９９９）ブランドの様相と記号の襞.マーケティングダイアログ、意味の場としての市場（石井淳蔵・石原武政編）ｐｐ．２３５－２5８．白桃書房
（１６）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（１９９９）時間を担う形態―生命基礎論序説．古生物の形態（棚部一成編）朝倉書店，pp. 191-213.
（１７）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２０００）クオリアと記号の起源：フレーム問題の肯定的意味.脳と生命と心（養老孟司・編）哲学書房, pp. 72-150
（１８）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２０００）コンピュータによるシミュレーション－進化・自己組織化過程の理論生物学的方法．化石の研究法（化石研究会編）共立出版 pp. ３４０－３４３．
（１９）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００１）生成する私：超越論と経験論を担うもの．同一性をめぐって（養老孟司・編）（有）養老研究所,pp.88－165.
（２０）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００２）生成する生命：生命理論 I.　哲学書房.
（２１）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００3）私の意識とは何か：生命理論 II、生成という存在態.　哲学書房.
（２２）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００4）進化の時間から「いま・ここ」の数理的構造へ.古生物の進化（小澤智生・瀬戸口列司・速水格編）朝倉書店.
（２３）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００4）原生計算または存在論的観測．東京大学出版会.
（２４）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００６）生命理論．哲学書房．東京→２０１３年韓国語訳出版
（２５）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫・上浦基（２００６）複雑性の本質：観測由来ヘテラルキー．複雑さへの関心（早稲田大学複雑系高等研究所編）pp．1-54.朝倉書店．
（２６）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００６）生きていることの科学．講談社．東京．
（２７）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２００８）時間の正体：デジャブ・因果論・量子論．講談社．東京．
（２８）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２０１０）生命壱号、おそろしく単純な生命のモデル．青土社、東京．
（２９）
郡司 ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２０１３）群れは意識を持つ．ＰＨＰサイエンスワールド新書、東京．
（３０）
郡司ﾍﾟｷﾞｵ－幸夫（２０１４）いきものとなまものの哲学．青土社、東京．